Egipt leży w strefie charakterystycznego dla obszarów pustynnych klimatu zwrotnikowego. Jedynie na północy panuje klimat śródziemnomorski, charakteryzujący się suchym, gorącym latem (maj-październik) i ciepłą, łagodną zimą (listopad-kwiecień). Najchłodniej jest w styczniu, kiedy temperatura waha się od 9 do 19°C i padają rzadkie w Egipcie deszcze.
Im dalej na południe, tym klimat jest suchszy. Zdarzają się tutaj wieloletnie, bezdeszczowe lata i występują duże wahania temperatury między dniem i nocą, dochodzące nawet do 25°C. W lecie jest gorąco, wiosną wieje suchy, gorący wiatr (cliamsin), niosący dużo drobnego pyłu.
Dolina Nilu i Delta
Nil jest najdłuższą rzeką świata: ma prawie 6,7 tys. km długości. Starożytni sądzili, że rodzi się w głębinach podziemnych pieczar pierwszej katarakty, a stamtąd wypływa jednym strumieniem na północ, a drugim na południe. Źródeł Nilu poszukiwali Rzymianie, a potem wielu europejskich i amerykańskich podróżników. W końcu ustalono, że Nil rodzi się w Ugandzie i Etiopii. Dziś źródła rzeki powstałej z Nilu Błękitnego i Nilu Białego są dobrze znane: płynie przez Egipt, a do morza uchodzi na północy kraju, tworząc olbrzymią deltę. Odkładane przez wieki osady sprawiły, że delta i dolina mają żyzną glebę. Starożytni Egipcjanie znali właściwie tylko Nil, dlatego inne rzeki, płynące w innym kierunku, były wówczas uważane za wybryk natury. Żołnierze Thotmesa III, którzy widzieli płynące na południe Eufrat i Tygrys, opowiadali o tym ze zdziwieniem swoim ziomkom. Nil był najbardziej dogodnym traktem do podróżowania i transportu towarów, gdyż w Egipcie właściwie nie było dróg, rozumianych na sposób rzymski; nie było ich po co budować, bo przez wiele tygodni wszystko zalewała woda.
Z lotu ptaka Delta Nilu to plaska, zielona i pocięta kanałami szachownica pól, zagajników i osiedli, gdzie wioski z cegieł mułowych ledwo wyrastają ponad wody kanałów. Nad północnymi jeziorami zbierają się wędrowne ptaki. To bardzo złożony ekosystem, zależny nie tylko od przyrody, ale też od ingerencji człowieka. Wysoka Tama spowodowała, że obszar już nie przyrasta: żyzny muł pozostaje przed tamą. To, co przed wiekami wydarto morzu, morze powoli odbiera, a erozja brzegów staje się z roku na rok coraz bardziej widoczna. Coraz więcej jest słonych bagien, a morska woda przez kanały przenika do wnętrza delty. Słodkowodne laguny, pełne ryb i roślin, zmieniają się w płytkie morskie zatoki i pewnie już niedługo Egipcjanie będą musieli walczyć z morzem na wzór Holendrów.
Przyroda Doliny Nilu
Od XIX w. nie ma już na egipskiej pustyni lwów, słoni i niektórych gatunków gazel. W Nilu nie pływają hipopotamy, a po zbudowaniu Wysokiej Tamy wyniosły się również krokodyle (można je spotkać jedynie w Jeziorze Nasera).
Nad rzeką i w nadrzecznych zaroślach czasami udaje się wypatrzyć dudka, zimorodka srokatego lub jaskółkę dymówkę. Na brzegach przechadzają się polujące na ryby czaple złotawe. W szuwarach czasem żerują czaple szare i żurawie. W zacisznych zakolach po liściach hiacynta wodnego przechadza się ciemno upierzona kokoszka wodna. Nad brzegami przemyka, korzystając ze schronienia w trzcinach, brązowany trzciniaczek, zdradzający swą obecność śpiewem. Nad wioskami na granicy pól i pustyni kołują jastrzębie i pustułki, gnieżdżące się w budynkach. Kania szara to drapieżnik o dziennym trybie życia, żywiący się głównie padliną. Ciemno upierzona białorzytka gnieździ się w skalnych szczelinach. Na północy nad uprawami i gajami często krąży biało upierzony kaniak, nad terenami archeologicznymi śmigają jaskółki skalne i skowronki piaskowe, a nad piramidami i starożytnymi świątyniami latają kruki pustynne. Rzadko można wyśledzić sokoła utożsamianego z Horusem, a ibis, czczony jako Thot, nie występuje już nad Nilem.
Nad rzeką rosną palmy daktylowe, a na południu palmy dum, sykomory, drzewa owocowe i bananowce. Od XIX w. obsadza się obszary pustynne australijskimi eukaliptusami, które dobrze się czują w Egipcie. Wzdłuż brzegów dominują plantacje drzew pomarańczowych i indyjskiego mango, podobnie jak gaje daktylowe i bananowe. Figowce uginają się od owoców, a na krzewach rosną owoce granatu. Na polach prócz zboża (jęczmień, pszenica, sorgo, ryż, kukurydza) uprawia się trzcinę cukrową, birsum (egipska koniczyna), ziemniaki i słonecznik. Kilometrami ciągną się pola egipskiej bawełny. W ogrodach rosną warzywa: sałata, bób, fasola, czosnek i cebula oraz marchewka, bataty, bakłażany, kabaczki, arbuzy, papryka, kapusta i małe pomidory.
Niestety, w rzecznych zaroślach nie ma już cibory papirusowej – papirusu – i jedynie w Wadi Natrun zachowała się jej endemiczna odmiana słonolubna.